大部制改革方案中鐵道部被裁撤，組建中國鐵路總公司。公眾普遍關心的是兩個問題：一是鐵道部2.6萬億元的負債怎么辦？二是鐵路票價是否會提高？第一個問題官方回應為：負債全部由中國鐵路總公司承擔，不會由納稅人埋單。第二個問題官方回應為：鐵路將實現市場化運營，且目前的鐵路票價是較低的。 

如果把這兩個問題的官方回應聯系在一起，完整答案浮出水面：鐵道部負債已經很高，為防止日本鐵路改革對國家財政形成巨額負擔的教訓在中國重演，政府決定甩包袱，將負債轉入企業性質的中國鐵路總公司。中國鐵路總公司如何償還負債？對鐵路實行市場化運營，提高票價至市場水平。即負債由鐵路乘客埋單。 

但問題是，中國鐵路能市場化運營嗎？首先，在前期鐵路建設過程中，國家財政撥付了大量資金，如2012年中央財政就劃撥鐵路建設300億元，實際上這是由中國納稅人支付的。其次，中國鐵路總公司將成為鐵路市場上的壟斷經營者，市場競爭環境并未形成，市場準入處于封閉狀態，又何來市場定價？再者，鐵路運營對國家經濟活動有重要的支撐作用，貨運票價提高將增加物流成本，降低行業競爭力（如煤炭）。 

要市場化運營，中國鐵路應由建運合一改革為建運分離模式。這是在日本、韓國、德國和世界上許多地區廣泛運用的模式。國家鐵路局仍然負責鐵路規劃和建設且不以盈利為目的。鐵路建成后，以建設成本轉讓或租賃給鐵路運營公司。鐵路運營公司負責鐵路運營維護，并制定票價。而租賃招標可采用票價低者得的模式，使鐵路運營公司展開市場競爭。